为贯彻落实习近平总书记关于中医药工作“传承精华，守正创新”重要指示精神和“努力构建中国特色、中国风格、中国气派的学科体系、学术体系、话语体系”，从“强军”的战略高度，培养中医特色高端人才，经中共北京中医药大学第八届委员会第229次常委会研究，决定成立“北京中医药大学王琦书院”，国医大师王琦院士任院长。北京中医药大学王琦书院是一所全公益性质的教学机构，以“发经典之奥义、融现代之新知、汇百家之言论、畅自由之思想”为办学宗旨，以培养中医药领军人才为办学目标。

　　2020年6月6日，书院举行了线上开学典礼，受到了各级领导的高度重视和大力支持。中国工程院院长李晓红院士表示与大师盛名共举，探知和践行相辅相成；书院甫开传承瑰宝，辨证施治造福苍生。北京中医药大学校长徐安龙表示愿书院成为传承精华、守正创新的学术园地；岐黄道术、勤求博采的学习高地；大医精诚、厚德济生的展示基地。并收到来自多位院士、专家和全国中医药高校贺词贺信。

　　书院经过一年线上试运行，在业内外产生了广泛而积极的影响。主讲人为王琦院士，特邀多位院士授课。学员撰写学习论文408篇。中国中医药报特设专栏“我与王琦书院”刊登学员撰写的优秀作品。

　　2021年9月10日“实施‘九体医学健康中国计划’高峰论坛暨北京中医药大学王琦书院成立大会”在北京会议中心隆重召开。书院的成立得到了众多两院院士、国医大师、岐黄学者的热烈响应，并获得各级各部门领导的大力支持。陈竺副委员长、韩启德副委员长、桑国卫副委员长等国家领导及两院院士、国医大师、岐黄学者、高等院校、海内外中医学会各界发来贺词贺信。陈竺副委员长表示北京中医药大学成立王琦书院是对习近平总书记提出的努力构建中国特色、中国风格、中国气派的学科体系、学术体系、话语体系重要指示的生动实践，对于解决中医特色人才短缺的问题、为健康中国建设和中医药培养高端人才具有重要意义。

　　2022年8月27日，在北京中医药大学王琦书院开学典礼上，国家中医管理局党组书记余艳红指出北京中医药大学王琦书院的开学开班是中医药系统重视人才工作、积极开展人才培养模式探索创新的缩影，具有很好的引领作用和导向意义。

　　北京中医药大学王琦书院的教学内容包括：十经（《易经》《诗经》《道德经》《黄帝内经》《难经》《脉经》《神农本草经》《伤寒论》《金匮要略》《温病条辨》）及医家名著；医学前沿、名家讲坛；名医堂教学示范等。书院聘请115位两院院士、国医大师、国学大师担任特聘教授，国家中医药管理局、北京市中医管理局、世界中医药学会联合会将书院学员纳入人才培养项目，为书院实体运行奠定了基础。学员将从杰出青年、长江学者、岐黄学者、名中医中遴选，海外学员从港澳台及其他国籍优秀人才中精选,开办岐黄学者班、首都名中医班、高徒班、海外班。

　　书院作为研讨学术的园地、汇聚人才的高地，在这里，可以实现学术观点交融、思想火花碰撞、创新意识升华，创造精神境界新高度；在这里，可以按照个性化成长需求，遵循中医成才规律，打造中医药教育新模式；在这里，可以团结凝聚各种高端人才，相互砥砺，共同进步，在更高的起点上开展继续教育，培养名医名师名家，为中医药事业的高质量发展提供人力资源。